Trotz des Anspruchs bundesweiter Einheitlichkeit sind dabei mitunter regionale Anpassungen erforderlich, beispielsweise zum Abbilden des Süd-Nord-Gefälles bei den Artenzahlen. Neben den Definitionen der Biotoptypen regelt die Kartieranleitung die anzuwendende Kartiermethodik. Dabei berücksichtigt sie erfassungstechnisch bedingte Unterschiede zwischen terrestrischen und marinen Biotoptypen. Je nach Lage im Untersuchungsraum sollen bei der Kartierung i. d. R. zwei Maßstabsebenen Anwendung finden. An diese und an den jeweiligen Biotoptyp sind bestimmte Schwellenwerte gebunden – Abmessungen, deren Erreichen oder Überschreiten eine Abgrenzung als eigene Fläche (Biotop) erforderlich machen. Beim Unterschreiten der Schwellenwerte und in Sonderfällen können oder müssen Komplexe aus zwei oder drei Biotoptypen gebildet werden, deren Wertpunkte gemäß dem jeweiligen Flächenanteil in die Biotopwertberechnung eingehen. 

Des Weiteren behandelt die Kartieranleitung u. a. die gutachterliche Auf- oder Abwertung von über- oder unterdurchschnittlich ausgeprägten Biotopen sowie die besonderen Methoden zur Erfassung mariner Biotoptypen. Auch Hilfestellungen zu anderen Themenfeldern werden gegeben, z. B. zur Einstufung des Arteninventars von mesophilem Grünland oder bezüglich der Schätzung des Bestandsalters von Wäldern und Forsten. Empfehlungen zu organisatorischen Themen – z. B. zur Bereitstellung von Unterlagen für die Kartierung – runden die Kartieranleitung ab.