Alle Süßwasserfischarten sind gewissermaßen Wanderfische. Die Wanderreichweiten variieren jedoch von Fischart zu Fischart.

Folgende Wandertypen können für die Anhang II-Fische unterschieden werden:

• Laichwanderung (Bsp.: Das Europäische Flussneunauge, Lampetra fluviatilis, wandert von seinen marinen Nahrungshabitaten zu den Flussmündungen und dann weiter stromaufwärts um auf Kiesbänken in höheren Regionen zu laichen)
• Larvale und juvenile Wanderungen (Bsp.: larvale und juvenile Tiere der Finte Alosa fallax wandern ihren Beuteorganismen folgend flussabwärts)
• Nahrungswanderung (Bsp.: junge Lachse Salmo salar wandern flussabwärts Richtung Meer, um zu ihren Nahrungshabitaten zu gelangen)
• Überwinterungswanderung (Bsp.: Leuciscus souffia wandert im Winter in Flüsse mit Tiefenzonen und im Frühjahr zurück in flachere Bäche)
• Drift-Korrektur-Wanderung (Bsp.: Adulte Tiere der Groppe Cottus gobio werden von der Strömung flussabwärts verdriftet; später wandern sie flussaufwärts zurück in ihre ursprünglichen Gebiete)

Die Verweildauer während der Wanderungen durch größere Flüsse kann mehrere Tage, Wochen oder Monate betragen. Für diese Zeiten müssen geeignete Gebiete ausgewählt sein, die Mündungen kleinerer Nebenbäche, Altarme und Zufluchtsbereiche in niedrigem Wasser hinter Flussinseln umfassen. In einigen Fällen können abhängig von den Arten sogar Hafenbecken für die Gebietsauswahl geeignet sein. Ruheräume brauchen eine minimale Ausdehnung von 2-3 km flussabwärts zur Drift-Korrektur. Die Distanz zwischen den Ruheräumen sollte 10-20 km nicht übersteigen (in Abhängigkeit von den Bedürfnissen der verschiedenen Arten).

Die Gebietsauswahl muss alle lebensnotwendigen Habitatansprüche der Arten berücksichtigen, einschließlich der Bereiche, in denen sich die Arten längere Zeit aufhalten. Für Bereiche, durch die Fische relativ schnell hindurchwandern (von A nach B in wenigen Tagen), ist keine Gebietsauswahl notwendig.

Bei der Gebietsauswahl zu berücksichtigende Teilhabitate sind:

• Laichgebiete
• "Eier-Gebiete" (falls nicht identisch mit Laichgebieten; Bsp. Alosa fallax)
• Larven-Habitate
• Habitate juveniler Tiere
• Nahrungshabitate
• Überwinterungsgebiete
• Ruheräume (bei Fernwanderungen adulter Tiere flussaufwärts oder juveniler Tiere flussabwärts)

Der oben beschriebene Ansatz sollte als Minimalforderung der Richtlinie betrachtet werden. Die Mitgliedstaaten sollten die Meldung ganzer Flusssysteme in Erwägung ziehen.

In einigen Fällen kann es notwendig sein als einzig bekannte Habitate Gebäude oder andere anthropogene Strukturen als Teil von Gebieten mit gemeinschaftlicher Bedeutung auszuweisen.