Den Mitgliedstaaten werden durch die Wiederherstellungsverordnung für die verschiedenen Ökosysteme konkrete Zielvorgaben gemacht, die sie zeitlich gestaffelt im Zeitraum von 2030 bis 2050 zu erreichen haben. Als unionsweites Ziel sollen beispielsweise bis 2030 auf mindestens 20 % der Land- und 20 % der Meeresflächen und bis 2050 in allen Ökosystemen, die der Wiederherstellung bedürfen, Renaturierungsmaßnahmen ergriffen werden. Für spezielle Ökosysteme, wie denen der Land- und Forstwirtschaft oder im urbanen Raum, sind zudem besondere Zielsetzungen enthalten. Dabei ist der Anwendungsbereich der Verordnung nicht auf Natura 2000-Gebiete beschränkt, sondern Wiederherstellungsmaßnahmen sollen innerhalb und außerhalb von Schutzgebieten in der gesamten Landschaft durchgeführt werden.

Die Wiederherstellungsverordnung gilt unmittelbar in allen Mitgliedstaaten und muss nicht in nationales Recht umgesetzt werden. Für ihre Ausführung sind die Mitgliedstaaten zuständig. Diese legen in eigener Verantwortung die notwendigen Maßnahmen fest, mit denen sie die ambitionierten Ziele erreichen wollen. Zudem haben sie sicherzustellen, dass sich Flächen, auf denen ein guter Zustand oder eine ausreichende Qualität der Habitate erreicht wurde, nicht erheblich verschlechtern.

Die Mitgliedstaaten müssen bis zum 1. September 2026 die Entwürfe ihrer nationalen Wiederherstellungspläne an die EU-Kommission übermitteln. In der anschließenden Konsolidierungsphase finalisieren die Mitgliedstaaten ihre Entwürfe unter Berücksichtigung der Kommissionsauffassung und verabschieden ihren nationalen Wiederherstellungsplan spätestens drei Jahre nach dem Inkrafttreten der Verordnung. Deutschland wird seinen Plan auf Bundesebene in enger Abstimmung mit den Ländern erstellen.