Die Wilstermarsch gehört ebenso wie die Haseldorfer und Kremper Marsch zu den Elbmarschen. Sie wird im Norden vom Nord-Ostsee-Kanal, im Süden von der Störniederung begrenzt. Die östliche Grenze bildet der markant ansteigende Geestrand. Von den eingedeichten Marschengebieten nördlich der Elbe zwischen der Mündung und Hamburg liegt die Wilstermarsch am tiefsten, z. T. mehr als 3 m unter dem Meeresspiegel. Aufgrund der dadurch bedingten schlechten Entwässerungsmöglichkeiten ist sie geprägt von Dauergrünland, Ackerbau spielt hier keine Rolle. Zahlreiche Deichsysteme, die weit ins Landesinnere hineinreichen und nicht nur die Stör, sondern auch die Bekau und die Wilster Au begleiten, prägen diese Kulturlandschaft. Charakteristisch ist zudem ein über weite Bereiche erhaltenes altes und in Teilbereichen sehr dichtes Grabensystem, in Teilbereichen ist auch noch eine historische Streifenflur in den Kögen zu erkennen.
In der Wilstermarsch findet ausschließlich Grünlandnutzung statt.
Von den ehemals weit verbreiteten Randmooren sind nur noch wenige Flächen, wie die Vaaler Moorniederung im Norden der Wilstermarsch, in einem halbwegs naturnahen Zustand. Das Herrenmoor bei Kleve wurde als Naturschutzgebiet unter Schutz gestellt.