Das Wettersteingebirge reicht von 800 m ü. NN bei Garmisch-Partenkirchen mit der Zugspitze bis auf 2962 m ü. NN und ist aus Wettersteinkalk aufgebaut, der glazial stark zerschnitten wurde. Risse und Klüfte prägen das Gebiet und ein Großteil der Fläche wird von Fels-, Schutt- und Schotterfluren eingenommen, die von den höchsten Lagen bis 1200 m ü. NN hinabreichen und den Lebensraum der Alpenschneehühner umfassen. Die Unterhänge und angrenzenden tieferen Lagen sind bewaldet, wobei im Bereich der Wettersteinwand, wo das Birkhuhn vorkommt, größere Latschenkieferanteile auftreten. Ansonsten haben die Bergwälder zumeist einen sehr hohen Fichtenanteil, es befinden sich aber auch großflächige Bergmischwälder, edellaubholzreiche Schluchtwälder und Zirbenwälder im Bereich des Schachen. Almwirtschaft ist nur auf den im Norden anstehenden Raibler Schichten möglich. Einzig Osterfelder Kopf und das Gebiet der Zugspitze sind touristisch erschlossen. Neben der forstlichen Nutzung der Wälder wird im Norden intensive Almwirtschaft betrieben. Die touristisch erschlossenen Bereiche werden als Wintersportgebiete intensiv genutzt. Von Bedeutung sind die großen Auer- und Haselhuhnvorkommen zwischen Ferchenbach und Wettersteinwand. Die wenig erschlossenen Bereiche der höheren Lagen im Südosten sind als Naturschutz-, FFH- und Vogelschutzgebiet ausgewiesen. Die außerhalb der schutzgebiete liegenden Bereiche gehören zu den Kernzonen des bundesweiten Biotopverbundes.