Das Seevogelschutzgebiet Helgoland und das benachbarte Vogelschutzgebiet Östliche Deutsche Bucht sind als Nahrungs-, Überwinterungs-, Mauser-, Durchzugs- und Rastgebiet für viele bedrohte Vogelarten von herausragender Bedeutung und gehören zu den bedeutendsten Gebieten für See- und Küstenvögel in der gesamten Nordsee.

Sie sind die wichtigsten deutschen Überwinterungsgebiete für Stern- und Prachttaucher, bedeutende Mauser- und Rastgebiete für Trauerenten und Nahrungsgebiete für zahlreiche weitere Seevogelarten. Helgoland ist zudem wichtiger und z.T. einziger deutscher Brutplatz für Eissturmvogel, Basstölpel, Dreizehenmöwe, Trottellumme und Tordalk.

Das Seevogelschutzgebiet Helgoland umfasst den Felssockel der Insel und die umgebenden, zumeist flachen Meeresflächen.