Im Norden der Insel Rügen befinden sich Kleiner und Großer Jasmunder Bodden, im Westen schließt sich der Nationalpark Vorpommersche Boddenlandschaft an. Als Bodden werden an der Ostsee Lagunen bezeichnet, also durch Landzungen vom offenen Meer abgetrennte Wasserflächen. Angrenzende Salzgrünlandflächen, Altholzbestände, Moore und Sümpfe, Ackerflächen sowie Inseln, Sand- und Kiesstrände stellen einen vielfältigen Biotopkomplex dar. Die fisch- und muschelreichen Flachwasserbereiche sind Rückzugsorte zahlreicher Wasservogelarten und machen das Gebiet zu einem bedeutenden Brut-, Rast- und Überwinterungsquartier.

Der Nonnensee liegt im Inselinneren am Ortsausgang der Stadt Bergen. Der flache Binnensee wurde lange Zeit künstlich entwässert, seit 1993 kann er sich durch Einstellung der Entwässerung zurückentwickeln und ist mittlerweile bedeutendes Brut- und Rückzugsgebiet zahlreicher Vogelarten.