Die Landschaft Wagrien weist ein leicht hügeliges Relief auf, das durch eine wellige Grundmoräne gebildet wurde. Der Oldenburger Graben teilt das Gebiet in zwei Teile. Im südlichen Teil nimmt die Reliefstärke zu, es zeigt sich schon der Übergang in das sich anschließende Bungsberggebiet, wo sich Stauchendmoränen über die Grundmoränen erheben. Das Gebiet ist für Schleswig-Holstein verhältnismäßig trocken und weist gute Böden auf. Daher bestimmt die Ackernutzung das Bild der Landschaft, die durch Knicks gegliedert wird. Im Südteil befinden sich noch einige Reste ehemals überall verbreiteter Laubwälder, im Nordteil fehlen solche beinahe völlig. Auch ist der Süden reicher an Bächen und kleinen Seen, das größte Fließgewässer ist die Johannisbek, die nach Norden dem Wessecker See zufließt.
Die guten Bodenverhältnisse und das flachwellige Relief ermöglichen die flächendeckende landwirtschaftliche Nutzung Wagriens. Grünland und forstliche Nutzung nehmen eine sehr untergeordnete Rolle ein.
Im Norden ragt das FFH-Gebiet Steinbek in die Landschaft hinein, ein gewundener Bachlauf mit seinen Nebenbächen. Im Süden, bei Neustadt liegt das FFH / NSG Neustädter Binnenwasser, in das die Kremper Au mündet und das durch eine schmale Stelle mit der Neustädter Bucht verbunden ist.