Begleitet von einem durchgehenden Auwaldgürtel sowie größeren Vermoorungen oberhalb der Donaumündung bei Neu-Ulm (470 m ü. NN) und am südlichen Rand der Landschaft um Memmingen (600 m ü. NN) zieht sich die regulierte und begradigte Iller durch die postglazialen Schotter sowie die Niederterrassen- und Deckenschottern über dem Sockel der Oberen Süßwassermolasse. Die Schotterbereiche werden im Norden hauptsächlich ackerbaulich genutzt und sind stark besiedelt. Etwa bei Kirchberg an der Iller verbreitert sich die Niederterrasse und die zentral gelegenen Ackerstandorte sind in eine bisweilen kleinräumige Nutzungsstruktur aus Acker- und Grünlandflächen bzw. auf der östlichen Niederterrasse in große Grünlandbereiche eingebettet.
Die landwirtschaftliche Nutzung ist vorherrschend.
Kleinere Teilflächen der Illeraue bei Senden sind als FFH-Gebiet "Untere Illerauen" und NSG "Wochenau und Illerzeller Auwald ausgewiesen". Augrund der zahlreichen Stauhaltungen hat die Iller hat keinen Fließgewässercharakter mehr. Die intensive Landwirtschaft beeinträchtigt die wenigen naturnahen Lebensräume stark. Zu den nennenswerten Biotopen zählen der Auwald mit Altwässern, Flutmulden, Großseggenrieden, Röhrichten und Hochstauden sowie Abbaustellen als wertvolle Sekundärbiotope. Aufgrund der ökologisch unzureichenden Funktionalität der Iller kommt dem Auwaldband als durchgängiger Wanderstrecke eine erhebliche Bedeutung zu. Bei Winterrieden sind Wiesenbrütergebiete verzeichnet.