Salzachtal und -becken sind Teil der würmeiszeitlichen Grundmoränenlandschaft des Salzachgletschers. Die Landschaft wird von der Salzach geprägt, die den bedeutensten Nebenfluß des Inns mit alpinen Charakter darstellt. Im nördlichen Teil dieser Landschaft hat die Salzach in eiszeitlicher und nacheiszeitlicher Geschichte eine Durchbruchslandschaft mit einer außergewöhnlichen Fülle an Relief- und Standortstrukturen geschaffen. In dieser schwer erschließbaren und nutzbaren Durchbruchlandschaft konnten sich naturnahe Buchen- und Edellaubholzwälder erhalten. Außerhalb der Auenbereiche bestimmen Ackerbau und Grünlandnutzung das Landschaftsbild, es sind viele kleinparzellierte Strukturen vorhanden. Durch die Anfang dieses Jahrhunderts durchgeführten Korrekturmaßnahmen an der Salzach wurde dem Fluss jegliche Dynamik genommen, was zur Austrocknung der Auenstufe führte.
Die Landwirtschaft mit intensiver Ackerbau- und Grünlandnutzung stellt die vorherrschende Nutzungsform dar. Auch ehemalige Auen werden gerodet und in Wirtschaftsgrünland und zunehmend auch in Maisäcker umgewandelt. Große Flächen ehemaliger Auen werden entweder als Pappel-, Fichten- oder sogar Robinienforste genutzt.
Trotz vielfältiger anthropogener Eingriffe und Einflüsse sind die Salzachauen ein arten- und strukturreicher Lebensraumkomplex. Bedingt durch die Größe, Geschlossenheit und Naturnähe sind die Salzachauen und -talhänge von landesweiter Bedeutung und bilden aufgrund ihrer noch vorhandenen ökologischen Durchgängigkeit eine wichtige Achse im Biotopverbundsystem des Alpenvorlandes. Notwendig sind Maßnahmen zur Förderung der Auendynamik als auch Rückführung von Ackerflächen in Grünland bzw. Extensivierungsmaßnahmen. Weite Bereiche der Landschaft gehören zum Biosphärenreservat "Berchtesgadener Land". Aus europäische Schutzgebiete sind Salzach und Unterer Inn sowie Uferbereiche des Waginger Sees ausgewiesen.