Die Rott, die bei etwa 480 m ü. NN in die Landschaft eintritt, bildet über weite Teile die Südgrenze des Nördlichen Isar-Inn-Hügellandes und verläßt etwa 160 Höhenmeter tiefer bei Pocking die Landschaft. Besonders flußabwärts von Pfarrkirchen mäandriert die Rott stark in ihrem asymmetrischen Tal und ist begleitet von vielen Altwasserschlingen. Im Ober- und Mittellauf erstrecken sich vereinzelte Grünlandbereiche, während der Unterlauf von Ackerflächen umgeben ist.
Intensive Ackernutzung ist vorherrschend.
Das Tal fungiert als Vernetzungsachse in der z.T. ausgeräumten Agrarlandschaft. Dementsprechend sind die flußbegleitenden Gehölz- und Staudensäume, Altwässer und Röhrichte von naturschutzfachlicher Bedeutung. Im Unterlauf der Rott sind einige Wiesenbüterflächen kartiert. Als einziges Schutzgebiet in der Landschaft ist der Unterlauf der Rott von Bayerbach bis zur Mündung als FFH-Gebiet gemeldet. Rott und Rottal sind aus naturschutzfachlicher Sicht ein stark veränderter Naturraum. Die Talsegmentierung durch lineare Infrastrukturen sowie die Auflösung und das Verschwinden des einstigen Grünlandbandes führt zur Isolierung der relevanten Biotope.