Die natürlicherweise stark mäandrierende Rur und ihre Zuflüsse/Nebenbäche haben eine 2 bis 5 km breite gewässerreiche, teilweise vernässte oder sumpfige Aue geschaffen, die bis zur niederländischen Grenze bis auf 29 m ü. NN abfällt. Die Böden bestehen hier aus sandigen bis tonigen Auenlehmen über den Rurschottern. Im oberen Bereich erheben sich aus der Aue kleine und größere sandige Inseln. Besonders im oberen Bereich treten die Terrassenkanten klar hervor. Beiderseits der Aue befinden sich schmale Niederterrassenleisten. Auf den durch Regulierungsmaßnahmen nutzbar gemachten Flächen stehen nur einige kleine Wälder, nördlich von Jülich Reste der natürlichen Schwarzerlen- und Eschenbruchwald-Gesellschaften, ansonsten wechseln sich Grün- und Ackerland ab. Teilweise findet man Pappel- und Korbweidenkulturen in der Aue.Teile der mittleren Ruraue mit Auen, Altarmen, Verlandungsgewässern und Auenwäldern sind unter Naturschutz gestellt. Hier kommen einige Rote-Liste-Arten, wie Athene noctua (Steinkauz) und Myotis daubentoni (Wasserfledermaus) vor. Die in großen Teilen begradigte untere Ruraue ist laut Landesentwicklungsplan Gebiet zum Schutz der Natur. Hier findet man u.a. Falco subbuteo (Baumfalken). Beide Teile sind gesamtstaatlich repräsentativ und enthalten Arten und Biotoptypen von Bedeutung. Zwei Flächen nördlich von Jülich sind FFH-Gebiete. Außerdem ist die untere Ruraue Teil des Naturparks "Maas-Schwalm-Nette". Durch NSG geschützt sind auch die Wald- und Ruderalfluren um die Kernforschungsanlage Jülich.