Mit einem Waldanteil von 90 % ist der Mittelharz der Prototyp der reinen Waldlandschaft der Mittelgebirge. Der Anteil an Laub- und Mischwäldern beträgt ca. ein Drittel der gesamten Waldfläche, der Rest wird von . Der Mittelharz ist der Teil des Harzes mit dem bewegtesten Relief. Das Gebirge wird durch die tief einschneidenden Täler der Sieber und Oder und ihrer Zuflüsse in schmale Riedel zerteilt. In dem Granitmassiv des Brockens wird mit 1142 m Höhe der höchste Punkt der nördlichen Mittelgebirgsschwelle erreicht. Gleichzeitig findet man hier eine Zone subalpiner Krüppelhölzer und Matten. Flache, vermoorte Senken, Hochmoore, aber auch Blockschutthalden und Klippen überziehen die Flanken der Brockenkuppel. Als natürliches Verbreitungsgebiet des Fichtenwaldes hebt sich das zentrale Bergland im Mittelharz von seiner Umgebung ab. Die etwas tieferen Regionen wären natürlicherweise Buchenwälder montaner Höhenstufen, sind aber vornehmlich mit Fichten aufgeforstet. Am Harzrand überwiegen Misch- und Laubwälder. Die Söse und die Oder sind zu großen Stauseen aufgestaut worden.
Die außerhalb des Nationalparks liegenden Waldflächen unterliegen einer forstwirtschafltichen Nutzung. Darüberhinaus wird der gesamte Mittelharz ganzjährig intensiv touristisch genutzt.
Der zentrale Bereich des Harzes ist als Nationalpark ausgewiesen und auch als FFH-Gebiet gemeldet. Die Schutzgebiete nehmen etwa 35 % der Fläche der Landschaft ein. Es handelt sich hierbei überwiegend um montane Fichtenwälder sowie um Moore und Hochheiden. Außerhalb der bestehenden Schutzgebiete wurden weitere Flächen als national bedeutsam für den bundesweiten Biotopverbund erfasst.