Der Nord- und Ostteil der Insel stellt im Gegensatz zu Innerrügen ein flachwelliges Hügelland mit isolierten Höhenzügen und noch aktiven Steilküstenabschnitten dar. Geprägt durch einen letzten Eisvorstoß in der ausgehenden Würmeiszeit ist die Landschaft mit ihren Halbinseln, Bodden und Wieken durch eine starke Verzahnung von Land und Meer gekennzeichnet. Größere Ackerbereiche durchziehen das unruhige Relief, unterbrochen von mehr oder weniger großen Waldbereichen. Dazwischen breiten sich die Wasserflächen des Großen und Kleinen Jasmunder Bodden aus, zwei ehemalige Gletscherzungenbecken, die durch die nehrungsähnlichen Gebilde der mit Kiefern bestandenen sog. Schaabe und Schmalen Heide vom Meer getrennt sind. Größere Waldflächen befinden sich auf der Halbinsel Jasmund (Stubnitz) und bei Granitz. Der Höhenkomplex der Stubnitz, ein Kreidebuchenwald, erhebt sich mehr als 160 m über dem Meeresspiegel und an den Steilufern bricht die Kreide in hohen Kliffs zum Meere hin ab. Diese Kreideufer beherrschen landschaftsbildprägend die Küstenabschnitte zwischen Saßnitz und Stubbenkammer und im Bereich Arkona, der nördlichsten Spitze Rügens. Ausgedehnte Ackerbereiche prägen den nördlichen Teil, während der Südostteil durch ein kleinstrukturierteres Mosaik mit bedeutenden Alleenabschnitten gekennzeichnet ist.
In der Landschaft dominiert die Ackernutzung, eine Grünlandnutzung findet man nur zu geringen Anteilen, vor allem im Bereich Südostrügens vor.
Mit seinen Kreideküsten und den Kalkbuchenwäldern besitzt Nordostrügen einen einmaligen Landschaftsausschnitt. Das Waldgebiet der Stubnitz ist zudem eines der orchideenreichsten Gebiete Norddeutschlands. Hervorzuheben sind die Vorkommen des Purpurknabenkrauts und des Fuchsschen Knabenkrauts. Mit dem Nationalpark "Jasmund" wurde diese einzigartige Landschaft unter Schutz gestellt. Als Biosphärenreservat wurde der vielgestaltige Bereich Südostrügen ausgewiesen, in den natürliche und naturnahe Landschaftsteile wie die historische Parklandschaft von Putbus oder das Waldgebiet der Granitz eingebunden sind. Teile des Nationalparks "Jasmund", der Kleine Jasmunder Bodden, sowie Abschnitte der nordrügenschen Boddenlandschaft sind als EU-Vogelschutz- und/oder FFH-Gebiete gemeldet. Mehrere typische und wertvolle Landschaftsausschnitte sind als Naturschutzgebiete ausgewiesen. Dazu gehören beispielsweise das NSG "Tetzitzer See", das alle Übergänge von Sandmagerrasen zu Salzröhricht als Schutzgegenstand hat, und das NSG "Nordufer Wittow mit hohen Dielen"-ein seltenes Mosaik aus Halbtrockenrasen, Busch-Buchenwald, hohen Feuerstein-Strandwällen.