Das Eichsfelder Becken ist eine weiträumige Senke, die fast zu allen Seiten durch ansteigende Höhen abgeschlossen wird. Das bedeutende Buntsandstein-Hebungsgebiet ist durch Ablaugung der Salzlager gegenüber der Umgebung eingesenkt, die Grenze der (noch anhaltenden) salztektonischen Senkung wird im Süden durch den "Salzhang" des Unteren Eichsfeldes gegen das Becken bezeichnet. Infolge der Senkung kam es teilweise zur Veränderung der Entwässerung und Bildung unübersichtlicher Gewässernetze. Die vorherrschenden fruchtbaren Lößböden und lehmigen Buntsandsteinböden sind günstige Ackerstandorte, Flußtäler und Wälder lockern das Landschaftsbild auf. Einziger noch vorhandener See ist der Seeburger See.
Die Lößböden werden beackert, die Talsohlen werden teilweise in künstlicher Bewässerung als Wiesen genutzt, die trockengelegten Angerflächen und verlandeten Seen sind Viehweiden.
Teilflächen, insbesondere entlang der ehemaligen innerdeutschen Grenze sind Naturschutzgebiete bzw. Naturschutz-Vorranggebiete oder wurden als EU-Vogelschutz- bzw. FFH-Gebiete gemeldet, z.B. das Untere Eichsfeld/Ohmgebirge, die Tälder der Flüsse Sieber und Rhume sowie der Seeburger See und umgebende Bereiche.