Für den Nationalen Bericht 2013 zur FFH-Richtlinie wurden für die drei biogeografischen Regionen insgesamt 363 Bewertungen des Erhaltungszustands von Arten sowie 11 Bewertungen von Artengruppen vorgenommen (zusammen 374 Bewertungen), wobei zahlreiche Arten beziehungsweise Artengruppen in mehreren Regionen auftreten.

Insgesamt ist bei 25 Prozent der Arten der günstige Erhaltungszustand erreicht. 29 Prozent zeigen einen schlechten und 31 Prozent einen unzureichenden Erhaltungszustand. Besonders ungünstig ist der Zustand bei Amphibien, Wanderfischen, Schmetterlingen und Moosen.

In der alpinen Region ist der Zustand der Arten vergleichsweise gut

In der alpinen Region wurden die 80 bewerteten Arten am günstigsten beurteilt. Gleichzeitig existieren hier aber noch die meisten Datenlücken. In der atlantischen und kontinentalen Region befinden sich nur rund ein Fünftel der bewerteten Arten in einem günstigen Zustand. Dies spiegelt den allgemein höheren Nutzungsdruck auf die Flächen dieser Regionen im Vergleich zur alpinen Region (außerhalb der Tallagen) wider.