Die Unterelbe zwischen Hamburg und der Elbmündung ist das größte deutsche Ästuar (Fließgewässermündungen mit Brackwassereinfluss und/oder Tidenhub inklusive der dazugehörigen Uferbiotope wie Süßwasserwatten) und mit seinen großräumig vorhandenen, naturnahen Lebensräumen ein Feuchtgebiet internationaler Bedeutung. Zu den Besonderheiten zählen z. B. Lachseeschwalbe, Flussneunauge und Schachblume.

Die typischen Lebensräume umfassen Süß- und Brackwasserwatten, Röhrichte, Auwaldreste, Binnendünen, Moorflächen, Grünlandflächen und die Elbe selbst mit ihren Nebenflüssen.

Der große Nahrungsreichtum der Elbe und ihrer Ufer bieten zahlreichen Vogelarten einen Lebensraum. Mehr als 200 Arten kommen hier zum Teil in ungeheuren Mengen als Brut-, Rast- und Zugvögel vor. An der Elbe überwintern zehntausende von Gänsen und Enten. Im Herbst und Frühjahr ziehen zahlreiche Watvögel, Möwen und Seeschwalben durch und erneuern hier ihre Nahrungsreserven. Im Sommer sind die großen Brutkolonien von Graureihern, Kormoranen, Möwen und Seeschwalben besetzt, seit ein paar Jahren brüten auch Wanderfalken und Seeadler wieder im Gebiet.

Natürlich ist die Elbe als Seeschifffahrtsstraße und als Industriestandort auch Belastungen ausgesetzt. In den letzten 25 Jahren ist aber immer wieder gelungen, neben zusätzlichen Eingriffen auch Verbesserungen zu erreichen.