Die Ostseeküste von Schleswig-Holstein ist gekennzeichnet durch Steilküsten, Strandwälle, Nehrungen und Strandseen. Hier liegen bedeutende Brutkolonien des Kormorans und verschiedener Möwen- und Seeschwalbenarten. Ferner brüten hier verschiedene Enten- und Watvogelarten, wie Mittelsäger, Austernfischer oder Sandregenpfeifer. Die bedeutendsten Brutplätze sind schon seit vielen Jahren als Naturschutzgebiete ausgewiesen.

Außerhalb der Schutzgebiete können Küstenvögel aufgrund der intensiven touristischen Nutzung kaum noch erfolgreich brüten. Die Meeresflächen und flachen Buchten bestehen zum großen Teil aus Flachwasserbereichen. Sie sind von herausragender Bedeutung als Rast- und Überwinterungsgebiete für zahlreiche Wasservogelarten. Insbesondere Eiderenten, Trauer- und Eisenten verbringen hier den Winter. Sie brüten in den menschenleeren Weiten im Norden Skandinaviens und Russlands und verbringen die übrige Zeit nahezu ausschließlich auf dem Meer, weshalb sie auch als Meeresenten bezeichnet werden. Sie ernähren sich vorwiegend von Muscheln, die sie als leistungsfähige Taucher vom Meeresboden heraufholen. Die Wasservogelansammlungen sind Nahrungsgrundlage für mehrere Seeadlerpaare.

Die Flensburger Förde ist ist ein bedeutendes Rastgebiet für viele Wasservogelarten. In den beiden Naturschutzgebieten Holnis und Geltinger Birk brüten viele Wasservogelarten sowie Strandbrüter. Die Meeresflächen beherbergen zahlreiche rastende Meeresenten.