Als Grundlage für die Ermittlung der Hotspots dienten bundesweit vorliegende Daten zum Vorkommen verschiedener Artengruppen, wie beispielsweise Gefäßpflanzen und Moose, Säugetiere, Amphibien und Reptilien sowie Heuschrecken und Daten zur Verbreitung der FFH-Lebensraumtypen. In einem Forschungs- und Entwicklungsvorhaben des BfN wurden die Daten ausgewertet, dabei wurden die Seltenheit und die Gefährdung von Arten und Lebensräumen gewichtet. So entstand in enger Abstimmung zwischen BMU, BfN und den
Bundesländern eine Liste mit 30 Hotspots, welche einen besonderen Reichtum charakteristischer Lebensräume, Tier- und Pflanzenarten aufweisen.