Die Werraaue zwischen Meiningen und Wartha hat eine bis zu 1,5 km breite und ebene Talsohle mit einer Höhenlage von 215 bis 280 m ü. NN. Natürliche und künstliche Kleinformen wie Altwässer, Auslaugungsseen und z.T. große Kiesgruben prägen das Bild der abschnittweise naturnahen Werra ebenso wie die Ausbauten, zu denen auch Wehranlagen für Mühlen gehören.
Die landwirtschaftliche Nutzfläche nimmt fast das gesamte Gebiet ein, wobei ein großer Flächenanteil auf die Grünlandnutzung entfällt.
Als potenziell natürliche Vegetation stehen hier Erlen- und Eschen-Erlenwälder. Bei Bad Salzungen gibt es noch kleinflächige Schilfbestände, Feuchtwiesen und Salzwiesen. Auf einem ehemaligen militärischen Übungsplatz, der in dieser Landschaft einen kleineren Flächenanteil hat, befindet sich eine der größten wertvollen Zwergstrauchheiden Südthüringens. Durch Kiesabbau werden Lebensräume beeinträchtigt bzw. vernichtet. Außerdem besteht die Gefährdung des Grundwassers durch Abtragung der Deckschichten sowie Inanspruchnahme von natürlichen Überschwemmungsflächen. Das NSG "Mittlere Werra" liegt in diesem Landschaftsraum. Besondere Bedeutung als Lebensraum haben die Auen im Bereich Gerstungen/Dankmarshausen. Noch vorhandene extensive Grünlandbereiche sind wertvolle Lebensräume für die Avifauna.